A abordagem do EMDR parte do princípio que nosso cérebro tem uma capacidade natural de processar, de forma adaptativa, todas as experiências que vivenciamos desde que essas não sejam muito traumáticas e dolorosas pois, do contrário, essa capacidade é paralisada, congelada no momento do trauma, fazendo com que aquela experiência não seja processada de maneira adaptativa.O trauma trava o sistema de processamento no cérebro que, em circunstâncias normais faria o processamento naturalmente, arquivando os acontecimentos.
O trabalhar no posto extra sistema de processamento da informação age armazenando as lembranças no cérebro do jeito que elas foram vivenciadas com suas imagens, crenças, emoções e sensações. Mas quando a experiência é traumática ela fica congelada no hemisfério direito. Certas ferramentas cerebrais que possuímos encontram-se do lado esquerdo, por isso quando armazenamos de um lado só é porque o cérebro bloqueou a capacidade de comunicação de um hemisfério com o outro, daí dizemos que não houve um processamento adaptativo da experiência.